Die Neuvermessung war nötig geworden, weil aufgrund einer Großbaustelle auf der Jahnallee (Zeppelinbrücke kurz vor dem Start-Ziel-Bereich) dieser Bereich nicht genutzt werden kann. In weiten Teilen (rund 80 Prozent) entspricht die 21 km lange Strecke jener der Vorjahre. Der erste Teil (bis km 1,4) und der letzte Teil (ab km 19) weichen vom gewohnten Kurs ab.
Aufgrund der Streckenänderungen können 2025 keine Wettbewerbe für Inliner, Handbiker und Rollstuhlfahrer angeboten werden, wie Veranstaltungsleiter Michael Mamzed erläutert: „Leider ist es so, dass durch die veränderte Strecke an verschiedenen Stellen über längere Passagen Straßenbahnschienen parallel zur Laufrichtung bewältigt werden müssten, denen die Teilnehmer nicht ausweichen könnten. Es liegen quasi vier Straßenbahnschienen auf engem Raum vor den Teilnehmern und bilden damit ein hohes Sicherheitsrisiko für Inlineskater, Rollstuhlfahrer und Handbiker. Diese Abschnitte liegen zum Teil auch in Kurven und würden damit eine besonders hohe Gefahr für die Teilnehmer bilden. Im Organisationsteam haben wir lange diskutiert, ob es einerseits den Sportlern zumutbar und andererseits verantwortungsvoll von den Organisatoren ist, unter den gegebenen Bedingungen die betreffenden Gruppen auf die Strecke zu schicken. Wir haben uns aus Sicherheitsgründen dagegen entschieden, was uns auch wirklich sehr, sehr leid tut, denn die Ausrichtung des LEIPZIG MARATHONS als inklusive Sportveranstaltung liegt uns überaus am Herzen. Wenn wir zu unserer bewährten, bisherigen Streckenführung zurückkehren dürfen, werden wir die betreffenden Wettbewerbe definitiv wieder anbieten.“